Penisilin ve vitamin K ile kullanımı sakıncalıdır. K vitamini, antikoagulanlar ve metotreksatın emilimini azaltabilir. Asit ortamlarda ve yüksek konsantrasyonlarda divalan mineral ihtiva eden ortamlarda neomisinin antibakteriyel etkisi azalır. Oral yolla verildiğinde son derece sınırlı emilmesine karşın, aminoglikozidler, nöromuskuler blokaj yapıcı etkisi olan, ototoksik, nörotoksik, nefrotoksik olduğu bilinen ilaçlarla, diğer aminoglikozidler ve furosemid, sefalosporinler, metoksifluran, amfoterisin B, polimiksinler ve tetrasiklinler ile birlikte kullanılmamalıdır. Mineral yem katkıları ile bir arada kullanılmamalıdır.